FAT 与 INode 是两种不同的文件系统设计思路，并不能认为它们是一种包含另一种的关系（比如在 Linux 系统中只有 INode 没有 FAT），也不能认为它们仅仅只是两个设计不同的文件系统。
两者的对比如下：
| FAT | INode | |
|---|---|---|
| 组织结构 | 链表 | INode 多级表 |
| 元数据存储位置 | 目录文件条目项 | INode 内 |
| 权限管理 | 不支持 | 支持 |
| 跨平台支持 | 大部分平台兼容 | 主要在 UNIX/Linux 系统使用 |
| 实例 | FAT 系列 | EXT 系列 |
| 实现难度 | 简单 | 复杂 |
Inode 的设计，采用了类似页表的方式来记录和组织磁盘块，这种方式有利于随机访问；而 FAT 用链表的方式组织磁盘块，有利于顺序访问。同时 Inode 将元数据存放在 Inode 中，支持硬链接，而 FAT 将元数据存放在目录文件的条目中，并不支持硬链接（如果支持的话，不同条目就会产生两份元数据，一致性维护非常困难）。